1986年1月，原恩施医学高等专科学校为了加强实验教学，培养高质量、高素质、具有创新能力的医药人才，对实验室管理体制进行改革，整合学校实验资源，成立了恩施医学高等专科学校实验中心。各医学基础课的实验教学隶属于恩施医学高等专科学校实验中心。实验中心的建立，从根本上改变了原有实验室资源分割的局面，达到实验室结构整体优化的目的，建成了一个资源共享、结构优化、功能多样的现代化实验教学新体系。1998年恩施医学高等专科学校与湖北民族学院合并成为新的湖北民族学院，恩施医学高等专科学校实验中心同湖北民族学院计算机中心、电教中心共同组建成立湖北民族学院现代教育技术中心，恩施医学高等专科学校实验中心更名为医学基础课实验教学中心，并于2000年5月经湖北省教育厅评估授予《合格实验室》称号。
2002年湖北民族学院医学院正式成立，医学基础课实验教学中心从现代教育技术中心中独立并成立基础医学实验教学中心，隶属于湖北民族学院医学院管理。2007年成为校级实验教学示范中心，批准立项建设。于2002年被恩施州宣传部授予“恩施州科普教育基地”。2008年中心获批省级基础医学实验教学示范中心。2014年虚拟仿真实验教学教学中心获批省级医学虚拟仿真实验教学中心。2018年获得“道地药材性状鉴定”省级虚拟仿真项目，2019年获得“磺胺嘧啶钠在正常与肾衰兔体内的药代动力学参数测定”省级虚拟仿真项目。
目前中心实验室条件大为改善、实验环境焕然一新，基础医学实践教学平台面积8000余平方米，有实验仪器设备2684台件，仪器设备总价值3937.5万元，拥有省级基础医学实验教学示范中心、省级虚拟仿真实验教学中心、国家中医药管理局中药质量分析与品种鉴定三级实验室、湖北省卫生厅中医药科研二级实验室。实验室拥有单细胞膜片钳系统、激光共聚焦、高效液相色谱仪、全自动血气分析仪、全波长酶标仪、冷冻切片机等中高档仪器。为适应医学教育改革与发展的需要，按照相近资源互补的原则以实验教学平台为载体将原有教学实验室整合组建为6个实验平台，包括病理学与组织胚胎学实验室、机能学实验室（整合生理学、病理生理学和药理学实验）、生物化学与分子生物学实验室、病原生物学与免疫学实验室、解剖学实验室、中医药学实验室，既整合了资源，又加强了课程间的交叉融合。构建“学科专业整合、分层次、模块化实验教学，形成多学科综合性知识体系；教学方法融合、以学生为主体，培养学生实践创新能力”的实验教学理念，使平台成为促进学生的知识、能力和素质全面协调发展的重要阵地。
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